薬局売却における行政手続き・許認可承継｜スムーズな承継のために押さえるべきポイント

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はじめに

薬局を売却する際、忘れてはならないのが「行政手続き」と「許認可の承継」です。
薬局は薬機法に基づく許認可事業であり、適切な手続きを行わなければ営業を継続できません。
売却後に「許可が失効して営業できない」といった事態を避けるためにも、事前に流れを理解しておくことが重要です。

本記事では、薬局売却時に必要となる行政手続きや許認可承継の方法、そしてトラブルを防ぐための実務対応について解説します。

皆さん、こんにちは。YAKUDACHI鈴木です。
薬局M&Aで絶対に押さえなくてはならない行政許認可手続きは保健所の薬局開設許可と厚生局の保険薬局指定です。ここを落とすと、他の手続きが全て止まります。逆に、一部の手続きは両者の手続きで自動的に通知がきたりするものもあります。
M&Aが決まったら、まっさきにすることは、保健所と厚生局に事前相談です。

薬局の許認可と法的根拠

薬局開設許可（薬機法第7条）
- 都道府県知事の許可が必要
- 開設者（法人または個人）ごとに付与される
管理薬剤師の設置義務（薬機法第9条）
- 開設者は必ず管理薬剤師を選任し、届け出る必要あり
その他の関連届出
- 保健所への届け出
- 保険薬局指定申請（厚生局）
- 健康保険組合等への契約継続確認

そのほかに各種公費の申請があります。
生活保護や難病、自立支援などです。
分からない方は、譲渡前の法人から許認可関係書類をまるっともらいましょう。
譲渡前の法人と同じ許認可を取っておけばまず安心です。

売却スキームごとの手続きの違い

1. 株式譲渡の場合

法人格はそのまま存続するため、許認可は自動的に維持される
管理薬剤師や従業員の変更がない場合、手続きは最小限
👉 最もスムーズに承継できる方法

多くの株式譲渡では代表取締役の交代をともないます。（つまり社長交代）
多くの許認可は代表者の変更を届出事項としているので、許認可自体が継続されていても、届け出は必要になりますので、誤解しないよう注意してください。

2. 事業譲渡の場合

許認可は包括承継できないため、買い手が新たに薬局開設許可を取得する必要あり
保険薬局指定も新規で申請が必要
👉 承継準備に時間と手間がかかる

厚生局の保険指定は、事業譲渡の場合、遡及申請が適用されます。
これは一定条件を満たした場合に、申請期限が譲渡後に延長される仕組みです。
例えば、1月1日から新会社で運営する場合、遡及申請は1月中旬頃まで認められます。（必ず厚生局に確認してください）

3. 会社分割の場合

分割承継会社が新たに薬局開設許可を取得
労働契約や資産・負債と同様に許認可も移転可能

実務で必要となる主な手続き

薬局開設許可申請（都道府県）
- 開設者変更時に必須
- 管理薬剤師の選任も同時に届け出る
保険薬局指定申請（地方厚生局）
- 事業譲渡の場合、新規指定を受ける必要あり
- 保険医療機関との契約継続が可能か確認
労働基準監督署・年金事務所への届出
- 労働保険・社会保険関連の手続き
税務署への届出
- 法人設立届出や事業承継に伴う税務手続き

忙しい方は、各専門家にまるっとお願いしてもOKです。
私も3社薬局を経営していますが、保健所、厚生局、各種公費は自分で申請して③、④の人事税務関係はそれぞれ、社労士さんや税理士さんにお願いしてます。
費用はかかりますが、その分、時間の節約になりますし、自分の得意分野に集中することが出来ます。
信頼できる税理士、社労士がわからないのであれば、当方からご紹介しますのでお気軽にお問い合わせください。薬局は特殊な業界なので、詳しくない先生だとコミュニケーションに少しストレスがあります。